首先，我國還沒有有機(jī)肥產(chǎn)品的國家標(biāo)準(zhǔn)，只有行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)。有機(jī)肥生產(chǎn)不需行政許可，生產(chǎn)門檻低，生產(chǎn)方式五花八門，目前小作坊較多，生產(chǎn)設(shè)備簡陋，產(chǎn)品質(zhì)量難以保證。
其次，一些廠家片面追求外觀，不重視內(nèi)在品質(zhì)。目前農(nóng)民在市場上選用有機(jī)肥時(shí)大多憑顆粒外觀和包裝的感性認(rèn)識來判斷有機(jī)肥產(chǎn)品品質(zhì)好壞，認(rèn)為顆粒外觀烏黑發(fā)亮、光滑均勻的就是好產(chǎn)品。商品有機(jī)肥由于原料的多樣性，不同原料做成的有機(jī)肥在外觀上有一定差距，其內(nèi)在品質(zhì)也有較大差異。
第三，企業(yè)生產(chǎn)忽視發(fā)酵過程。國內(nèi)有機(jī)肥的商品化、規(guī)模化及規(guī)范化發(fā)展剛剛起步，一些生產(chǎn)線未進(jìn)行嚴(yán)格的高溫發(fā)酵，導(dǎo)致有機(jī)肥產(chǎn)品難以達(dá)到無害化要求。
第四，純有機(jī)肥養(yǎng)分含量低，施用后不如化肥肥效快，推廣普及遭遇瓶頸，所以做有機(jī)無機(jī)復(fù)混肥之更好的選擇，
第五，有機(jī)肥包裝標(biāo)識混亂。個(gè)別企業(yè)標(biāo)上有機(jī)質(zhì)、腐殖酸、氨基酸、動物蛋白、維生素等含量，并加起來算作養(yǎng)分總含量誤導(dǎo)消費(fèi)者。
第六，運(yùn)輸成本高，有機(jī)肥通過鐵路運(yùn)輸不享受化肥優(yōu)惠運(yùn)價(jià)，運(yùn)輸成本比較高，使商品有機(jī)肥的市場零售價(jià)比原料價(jià)格高許多。
第七，有機(jī)肥生產(chǎn)過程中造粒效率低下，特別是那些有機(jī)質(zhì)含量高的有機(jī)肥，有50%以上都要返回造粒，大大降低了生產(chǎn)效率，增加了生產(chǎn)成本。